Nauta współpracuje z Marynarką Wojenną RP od początku swojej działalności. W 1935 roku w stoczni powstał pierwszy trałowiec zbudowany dla polskiej floty – ORP Mewa. Został on zbudowany w zakładzie przy ulicy Czechosłowackiej, a więc tam gdzie odbywa się dziś większość produkcji spółki.

Działalność Nauty w zakresie produkcji specjalnej była kontynuowana również po zakończeniu II wojny światowej. Obejmowała ona zarówno remonty, naprawy i modernizacje, jak i budowę nowych jednostek. W latach 70. ubiegłego wieku stocznia ustanowiła stałą współpracę ze Strażą Graniczną i Marynarką Wojenną.

Z kolei w latach 80. i 90. XX obecnego wieku w stoczni powstało sześć holowników portowych projektu H-900, pozostających w służbie do dziś. Produkcja specjalna pozostaje bardzo ważnym obszarem działalności zakładu również w okresie po transformacji ustrojowej. Na początku 1999 roku Nauta została przekształcona z przedsiębiorstwa państwowego w spółkę akcyjną (obecnie należy do Polskiej Grupy Zbrojeniowej S.A.). W ciągu ostatnich pięciu lat około jedna trzecia przychodów Nauty pochodziła ze zleceń dla wojska.

W 2012 roku większość zakładu przeprowadzono na tereny przy ulicy Czechosłowackiej (po dawnej Stoczni Gdynia), gdyż możliwości techniczne i powierzchniowe historycznych zakładów przy ul. Waszyngtona były ograniczone. Nauta prowadziła remonty okrętów wojennych różnych klas – od transportowo-minowych i desantowych, poprzez hydrograficzne, trałowce, zbiornikowce aż do fregat i okrętów podwodnych.

We wrześniu 2016 roku zakończono naprawę dokową i doraźną fregaty rakietowej ORP Gen K. Pułaski. W trakcie prac naprawie poddano m.in. elementy poszycia, steru oraz pomocniczych pędników azymutalnych.

Obecnie w Naucie trwają prace usprawniające obie fregaty typu Oliver Hazard Perry – ORP Gen. T. Kościuszko i ORP Gen K. Pułaski. Są one realizowane przez specjalistów amerykańskich przy pomocy i współpracy Stoczni. Nauta prowadzi też naprawę główną i dokową dwóch małych okrętów rakietowych – ORP Orkan i ORP Piorun. W 2016 roku zakład przeprowadził również remonty okrętu transportowo-minowego ORP Kraków oraz kutrów ratowniczych R-14 i R-15.

Produkcja specjalna stoczni Nauta obejmuje także prace kierowane na rynki eksportowe. Przed czterema laty przeprowadzono remont okrętu patrolowego obrony wybrzeża Norweskiej Królewskiej Marynarki Wojennej. Z kolei w ubiegłym roku zrealizowano remont francuskiego niszczyciela min Eridan.

Spółka jest przyjęta do grona przedsiębiorstw o szczególnym znaczeniu gospodarczo-obronnym, co potwierdza jej rolę w zakresie dostaw dla Marynarki Wojennej. Posiada także liczne certyfikaty i koncesje wydane przez instytucje krajowe i europejskie. Tego rodzaju dokumenty uwiarygadniają stocznię w oczach potencjalnych klientów. Żeby otrzymać koncesję uprawniającą do produkcji na rzecz wojska czy trafić na listę firm o szczególnym znaczeniu gospodarczo-obronnym, stocznia musi spełnić szereg wyśrubowanych wymagań, stawianych przez instytucje odpowiedzialne za wydanie przyznanie certyfikatu. Z perspektywy Inspektoratu Uzbrojenia czy innego klienta taki dokument jest gwarancją, że wykonane przez Stocznię prace będą najwyższej jakości – mówi Sławomir Latos, Prezes Zarządu Stoczni Remontowej Nauta.

Nauta przygotowuje się do udziału w budowie nowych okrętów dla Marynarki Wojennej w ramach programu „Zwalczanie zagrożeń na morzu”, między innymi poprzez udział w dialogach technicznych. Przedstawiciele spółki podkreślają, że dysponuje ona odpowiednim doświadczeniem i infrastrukturą, a kadry są przygotowane do realizacji kontraktów na rzecz polskich sił morskich. Zwracają przy tym uwagę na znaczenie innowacyjności i projektów badawczo-rozwojowych, w których uczestniczy stocznia. Podkreślają, że ich efekty mogą znaleźć zastosowanie zarówno na rynku wojskowym, jak i cywilnym.