Okręt podwodny „Krasnodar” miał zgodnie z planem znaleźć się na Morzu Czarnym jeszcze w 2016 r. Taki szacunek wynika z tempa wprowadzania do 4. samodzielnej brygady okrętów podwodnych Floty Czarnomorskiej wszystkich trzech poprzednich jednostek projektu 636.3:

• B-261 „Noworosijsk” (wprowadzonej do służby 17.09.2014, która przybyła do portu macierzystego Noworosyjsk 21.09.2015 r.);
• B-237 „Rostow-na-Donu” (wprowadzonej do służby 30.12.2014, która przybyła do Noworosyjska 16.12.2015 r.);
• B-262 „Staryj Oskoł” (wprowadzonej do służby 03.07.2015, która przybyła do Noworosyjska 01.07.2016 r.).

Okres prób, szkolenia oraz samo przejście przez Bałtyk, Atlantyk i Morze Śródziemne do Floty Czarnomorskiej za każdym razem trwały więc około dwunastu miesięcy. Wynika z tego, że „Krasnodar”, przekazany rosyjskiej flocie 05.11.2015 r., powinien się pojawić w Noworosyjsku już w listopadzie 2016 r. W rzeczywistości rosyjskie ministerstwo obrony poinformowało o uroczystym przyjęciu tego okrętu w Sewastopolu dopiero 9 sierpnia 2017 r.

Z komunikatu ministerstwa obrony wynika, że dziewięciomiesięczne opóźnienie było spowodowane służbą „Krasnodaru” w składzie stałego, rosyjskiego zespołu okrętowego, jaki cały czas działa na Morzu Śródziemnym w oparciu o bazę Tartus w Syrii. Okręt podwodny dołączył do tego zespołu w czasie przejścia z Morza Bałtyckiego na Morze Czarne.

Operował tam zresztą bardzo aktywnie, ponieważ dwukrotnie (w maju i lipcu 2017 r.) odpalono z jego wyrzutni torpedowych w kierunku Syrii rakiety manewrujące 3M14 systemu Kalibr-PŁ. Było to zresztą drugie i trzecie strzelanie rakietowe, ponieważ pierwsze, testowe, przeprowadzono jeszcze w kwietniu 2017 r. na Bałtyku, tuż przed przejściem okrętu na Morze Śródziemne. Wtedy nie poinformowano jednak, w kierunku jakiego celu została wystrzelona „rakieta skrzydlata” i czy nie był to „tylko” pocisk przeciwokrętowy 3M54 (również odpalany z systemu Kalibr-PŁ).

W rzeczywistości „Krasnodar” dołączył do Okrętowego Zespołu Śródziemnomorskiego dopiero w maju 2017 r., a więc nadal nie wiadomo, co działo się z tym okrętem podwodnym przez około pół roku. Media w Rosji wyraźnie jednak wskazują, że w rejonie bazy morskiej w Bałtijsku doszło 20 kwietnia 2016 r. do kolizji zanurzonego „Krasnodara” z niezidentyfikowaną jednostką pływającą. 

W prasie rosyjskiej twierdzono również, że musiał to być polski okręt podwodny ORP „Orzeł” projektu 877E. Doniesieniom tym zaprzeczyło jednak polskie ministerstwo obrony, a rosyjski MON nie zajął stanowiska w tej sprawie. Uszkodzenia na rosyjskiej jednostce były na tyle duże, że „Krasnodar” musiał udać się w asyście dwóch holowników do stoczni Admiraltiejskije Wierfi w Sankt Petersburgu. Postawione później rusztowania oraz prace naprawcze prowadzone w górnej części kiosku mają według specjalistów świadczyć, że Rosjanie w czasie kolizji znajdowali się pod zanurzonym okrętem podwodnym, albo płynęli na głębokości peryskopowej i zderzyli się z innym okrętem płynącym na powierzchni.

Czytaj więcej: Macierewicz: Doniesienia o kolizji okrętów to prowokacja

Ostatecznie „Krasnodar” opuścił sanktpetersburską stocznię (oficjalnie) 9 lipca 2016 r., ale jeszcze do kwietniu 2017 r. przebywał na Bałtyku (to właśnie wtedy ministerstwo obrony poinformowało o próbnym strzelaniu rakietowym z tego okrętu).

Jak na razie z przybycia „Krasnodaru” najbardziej zadowolony jest witający go dowódca Floty Czarnomorskiej admirał Alieksandr Witko. „Flota rośnie, rozwija się, pozyskuje nowe możliwości, których wymagają współczesne wyzwania. Szczególnie miło jest mi zapowiedzieć, że przed końcem roku spotkamy jeszcze dwa okręty podwodne takiego samego typu jak „Krasnodar”. Wkrótce w miejsce stałej dyslokacji przybędą okręty podwodne „Nowogród” i „Kołpino”, który do końca uzupełnią pododdział podwodników i spowodują, że szkolenie wojskowe będzie bardziej intensywne” – powiedział Witko podczas uroczystości przyjęcia okrętu.